Adottata nel 1992 (e recepita in Italia dal DPR n.357 del 1997, modificato successivamente dal DPR n.120 del 12 marzo 2003,), la Direttiva 92/43/EEC sulla conservazione degli habitat naturali e seminaturali e della flora e della fauna selvatiche rappresenta il completamento del sistema di tutela legale della biodiversità dell'Unione Europea.
Lo scopo della Direttiva è "contribuire a salvaguardare la biodiversità mediante la conservazione degli habitat naturali e seminaturali (es. agricoltura tradizionale), nonché della flora e della fauna selvatiche nel territorio europeo degli stati membri…".
La Direttiva identifica una serie di habitat (allegato I) e specie (allegato II) definiti di importanza comunitaria e tra questi identifica quelli "prioritari".
Lo strumento fondamentale identificato dalla Direttiva è quello della designazione di Zone Speciali di Conservazione in siti identificati dagli stati membri come Siti di Importanza Comunitaria. Questi siti, assieme alle ZPS istituite in ottemperanza alla Direttiva "Uccelli" concorrono a formare la "Rete Natura 2000". Gli stati membri sono tenuti a garantire la conservazione dei siti, impedendone il degrado. Ogni attività potenzialmente dannosa deve essere sottoposta ad apposita valutazione di incidenza. La Direttiva prevede, inoltre, la stretta protezione delle specie incluse nell'allegato IV vietandone l'uccisione, la cattura e la detenzione. Le specie incluse nell'allegato V possono invece essere soggette a prelievo in base a regole individuate dai singoli stati. Come nella Direttiva "Uccelli" sono comunque vietati i mezzi di cattura non selettivi o di larga scala come trappole, affumicazione, gasamento, reti e tiro da aerei e veicoli.

Gli allegati alla Direttiva "Habitat": I Habitat naturali di interesse comunitario che giustificano l'istituzione di ZSC II Specie animali e vegetali di interesse comunitario che giustificano l'istituzione di ZSC III Criteri per la selezione dei Siti di Importanza Comunitaria (SIC) e la designazione delle ZSC IV Specie animali e vegetali di interesse comunitario che necessitano di una protezione rigorosa V Specie animali e vegetali di interesse comunitario che possono essere soggetti a misure gestionali VI Metodi di cattura, uccisione e trasporto vietati