La UE ha emanato la Direttiva "Nitrati" (CEE/91/676) in forza della quale gli Stati membri devono designare le zone vulnerabili per l'inquinamento da nitrati e preparare dei Piani di Azione per limitare l'inquinamento causato dall'agricoltura in queste zone.
L'utilizzo continuativo dei terreni coltivati come luogo di smaltimento dei fanghi di depurazione può provocare gravi contaminazioni del suolo da parte dei metalli pesanti che sono presenti nei fanghi stessi.

Uso insostenibile delle risorse idriche
Il 60% dell'acqua di falda estratta nel sud Europa viene utilizzata per l'irrigazione con un ritmo di estrazione insostenibile in quanto superiore alla capacità di ricarica delle falde. L'estrazione a ritmi eccessivi di acqua di falda causa nel medio-lungo termine la salinizzazione delle stesse falde a causa della risalita di acqua marina non più trattenuta dalla pressione dell'acqua dolce.
La trasformazione di habitat naturali aridi e semi-aridi in seminativi irrigui è causa di distruzione di habitat prioritari e del declino numerico di specie quali la gallina prataiola e il grillaio. Il passaggio da uliveti centenari tradizionali a uliveti intensivi irrigui causa una perdita netta di biodiversità e discapito di specie come il torcicollo e il barbagianni.

Alluvioni
La gestione dei terreni coltivati ha un effetto anche sul fenomeno delle alluvioni. Il drenaggio spinto dei terreni, il sovrapascolo e l'assenza di stoppie (i residui vegetali della mietitura) nel periodo invernale determinano un aumento della velocità di scorrimento dell'acqua piovana che, sommato ad una minore capacità di assorbimento dei terreni agricoli, provoca il conferimento di ingenti quantità di acqua nei corsi d'acqua in breve tempo. Nei punti più stretti dei corsi d'acqua (in prossimità dei centri urbani, ad esempio) questa enorme e veloce massa d'acqua può provocare rovinose alluvioni.

La maggior parte dei pulli (giovani uccelli non ancora involati) di specie che vivono negli ambienti agricoli si nutrono di invertebrati (insetti, ragni, cavallette, ecc.). L'uso eccessivo di insetticidi ha ridotto le disponibilità di cibo causando, così, un aumento della mortalità dei pulli.
L'eccessivo uso di fertilizzanti di sintesi e di erbicidi ha ridotto la diversità floristica delle campagne causando la diminuzione delle fonti trofiche per gli uccelli adulti.
La distruzione degli elementi caratteristici del paesaggio agrario tradizionale ha, anch'essa, contribuito a ridurre le fonti di cibo oltre a rendere gli uccelli e i loro nidi più vulnerabili agli attacchi dei predatori.
L'effetto combinato di questi impatti causa un aumento della mortalità e una diminuzione del successo riproduttivo delle popolazioni di uccelli che vivono nelle nostre campagne.

Uno studio apparso sul numero di Ottobre 2002 di Nature dimostra che negli Stati Uniti fino al 92% dei maschi di rana (Rana pipiens) che vivono in ambienti umidi contaminati da atrazina mostra un ritardo nello sviluppo delle gonadi e ermafroditismo. L'atrazina è l'erbicida più utilizzato nel mondo. In Italia sono numerosissimi i casi di inquinamento da atrazina delle falde sotterranee.
La monocoltura e l'eliminazione degli elementi naturali del paesaggio agrario tradizionale (siepi, filari, boschetti, ecc.) con la conseguente diminuzione della biodiversità, anche in termini di invertebrati, rende più difficoltoso il controllo dei parassiti delle colture in quanto non sono più presenti i predatori naturali (che sono stati privati del loro habitat naturale).

Questo innesca un ciclo vizioso che implica l'incremento dell'uso di pesticidi che ulteriormente causerà un decremento delle popolazioni di invertebrati, sia dannosi che utili (IUCN, 2003).