La PAC è finanziata attraverso due nuovi fondi: il Fondo europeo agricolo di garanzia (FEAGA) e il Fondo europeo agricolo per lo sviluppo rurale (FEASR) (vedi Regolamento (CE) n. 1290/2005 del Consiglio, del 21 giugno 2005, relativo al finanziamento della politica agricola comune):

Il FEAGA finanzia, in regime di gestione concorrente tra gli Stati membri e la Commissione, le spese seguenti:

• le restituzioni fissate per l'esportazione dei prodotti agricoli nei paesi terzi;
• gli interventi destinati a regolarizzare i mercati agricoli;
• i pagamenti diretti agli agricoltori previsti dalla politica agricola comune;
• talune azioni di informazione e promozione dei prodotti agricoli sul mercato interno della Comunità e nei paesi terzi, realizzate dagli Stati membri;
• spese inerenti alle misure di ristrutturazione dell'industria dello zucchero.

Il FEAGA finanzia in modo centralizzato le spese seguenti:

• il contributo finanziario della Comunità ad azioni veterinarie specifiche, ad azioni ispettive nel settore veterinario, nel settore dei prodotti alimentari e degli alimenti per animali, a programmi di eradicazione e sorveglianza delle malattie animali e ad azioni fitosanitarie;
• la promozione dei prodotti agricoli realizzata direttamente dalla Commissione o tramite organizzazioni internazionali;
• le misure adottate in conformità della normativa comunitaria, destinate a garantire la conservazione, la caratterizzazione, la raccolta e l'utilizzazione delle risorse genetiche in agricoltura;
• la messa a punto e il mantenimento dei sistemi di informazione contabile agricola;
• i sistemi di indagine agricola;
• le spese relative ai mercati della pesca.

Nel 2008 il bilancio della PAC è pari a di 53,7 miliardi di Euro. Di questi circa 36,8 sono destinati ai pagamenti diretti (FEAGA) e circa 12,9 allo sviluppo rurale (FEASR).

Nonostante sia ormai obbligatorio, solamente 6 Regioni hanno reso pubblici i dati sui beneficiari dei fondi PAC. I dati che seguono sono stati ottenuti dal sito di farmsubsidy.org un network di giornalisti, ricercatori e attivisti che ha l'obiettivo di ottenere i dati di dettaglio relativi ai sussidi agricoli dispensati dalla UE in ciascun Paese dell'Unione Europea e renderli disponibili in un formato utile ai cittadini europei. L'Italia si attesta al 25% nella classifica sulla trasparenza stilata da farmsubsidy.org's.

Italia: statistiche (2006)		Classifica*
Spesa totale per la PAC nella UE	49 799 milioni € (108 € per cittadino)
Contributo alla PAC dell'Italia	6.805 milioni € (116 € per cittadino)	3° (11°)
Spesa totale per la PAC in Italia	5.486 milioni € (94 € per cittadino)	4° (10°)
Perdita netta (contributo - spesa)	1.319 milioni € (23 € per cittadino)	23° (19°)
Pagamenti diretti agli agricoltori	3.749 milioni €	4°
Pagamento diretto medio per azienda agricola	2.168 €	13°
Pagamento diretto medio per lavoratore agricolo	4.048 €	11°
Pagamento diretto medio per ettaro di superficie agricola	255 €	8°
Proporzione di pagamenti diretti che sono percepiti dal 10% dei beneficiari	69%	6°
Sussidi all'esportazione	89 milioni €	9°
Sviluppo rurale	587 milioni €	5°

* posizione rispetto a 25 Paesi in ordine decrescente
Fonte: analisi di farmsubsidy.org sulla base di statistiche della Commissione Europea.