L'agricoltura intensiva moderna è causa di numerosi problemi ambientali ed è una delle principali cause di declino della biodiversità europea. Dall'immediato dopoguerra in poi, ovunque nell'Unione Europea il settore agricolo ha attraversato un processo di concentrazione e specializzazione: il numero si aziende agricole è diminuito, così come il numero di addetti, la dimensione media delle aziende è aumentata e il numero di prodotti forniti da ogni azienda è sempre più ristretto (monocoltura colturale). Questo processo è stato affiancato da una consistente intensificazione dell'uso della terra, dei fertilizzanti, dei pesticidi, dell'energia, dell'acqua e della bonifica idraulica che ha completamente stravolto i tradizionali paesaggi rurali e ha reso le campagne delle zone più produttive degli autentici "deserti biologici".

L'intensificazione dell'agricoltura (definita come l'aumento di produzione agricola per unità di superficie, ad esempio quintali/ettaro) ha contribuito in maniera importante:

• all'inquinamento di falde sotterranee, fonte di acqua potabile,   link temi ambientali - acqua
• l'eutrofizzazione dei corpi idrici superficiali (laghi e fiumi),   link temi ambientali - acqua
• l'acidificazione delle emissione in atmosfera,   link temi ambientali - aria
• all'impoverimento e all'erosione dei suoli,   link temi ambientali - suolo
• al sovrasfruttamento delle risorse idriche,   link temi ambientali - acqua
• alla diminuzione della biodiversità,   link temi ambientali - biodiversità
• al cambiamento del paesaggio
• ed alla distruzione delle aree naturali residue.

Un altro indicatore dell'intensificazione dell'agricoltura è l'aumento delle superfici arate (seminativi) a discapito dei prati permanenti e dei pascoli.
Allo stesso tempo si è assistito ad un progressivo abbandono delle aree marginali e alla scomparsa di pratiche estensive (come ad esempio il pascolo nelle zone montuose) che nei secoli erano diventate un elemento indispensabile degli equilibri biologici di molte zone europee. L'allevamento estensivo necessita di grandi estensioni di pascoli utilizzati con basse densità di animali, al contrario l'allevamento intensivo moderno utilizza grandi stalle con elevatissime concentrazioni di animali che vengono nutriti non con erba, ma con mangimi secchi ricavati dai seminativi.
Quindi la perdita dei prati stabili e dei pascoli, che sono estremamente importanti per il mantenimento della biodiversità in Italia, è dovuta, da un parte all'incremento della specializzazione della produzione agricola (arativi) e, dall'altra, all'aumento delle densità degli allevamenti moderni.

Con la creazione di un mercato protetto con prezzi garantiti, la PAC ha rappresentato la spinta per all'intensificazione agricola in quanto:

• incoraggia direttamente l'intensificazione delle pratiche agricole;
• ricompensa maggiormente i produttori più intensivi (solo pochi soldi vanno a favore di metodi di produzione estensivi);
• rende le pratiche agricole estensive relativamente più costose.

La PAC ha causato l'abbandono di aree agricole che, in base alle politiche del momento, erano marginali come ad esempio le aree montane. La costante diminuzione delle superfici a prato e pascolo in molte zone montane italiane costituisce un problema opposto a quello dell'intensificazione per molte specie di uccelli legati a questi ambienti che non trovano più gli habitat adatti a nidificare o a cacciare.
Favorendo l'aumento della produttività dei terreni agricoli, la PAC ha incoraggiato la rimozione dagli ecosistemi rurali di molti di quegli elementi semi-naturali quali le siepi, i filari di alberi, i boschetti che rappresentavano fonti importantissime di cibo e rifugio per molte specie selvatiche (piante e animali) che contribuivano al mantenimento di un equilibrato agro-ecosistema.

Sebbene l'intensificazione delle pratiche agricole in termini di uso di fertilizzanti, pesticidi e erbicidi sia stabile dagli anni '90, è previsto un ulteriore aumento della specializzazione delle pratiche agricole e un aumento delle dimensioni aziendali che, a causa dell'ottimizzazione dell'uso del suolo, potrebbe determinare una nuova grave perdita di elementi naturali e biodiversità. La tendenza alla specializzazione delle aziende agricole, con conseguente minor numero di forme di utilizzazione dei terreni, è confermata dal 5° Censimento generale dell'agricoltura reso pubblico dall'ISTAT nel marzo del 2001 (http://censagr.istat.it/dati.htm; http://www.census.istat.it/wibdsi/default.asp). La tendenza alla specializzazione è più accentuata nelle regioni nord-occidentali e nelle isole a discapito di alcuni tipi colturali molto importanti.